Le Pres Sorbonne Paris Cité est constitué sous la forme d’un établissement public de coopération scientifique (EPCS). Dans ce cadre, le conseil d’administration (CA) a un rôle clef.
- Le PRES est à la fois la structure chargée de mettre en œuvre les activités communes que lui confient les établissements membres et le lieu de la coordination de leurs politiques. Il exerce les compétences qui lui sont déléguées dans le respect du principe d’autonomie posé par la loi du 10 août 2007 relative aux libertés et responsabilités des universités, et des compétences des conseils d’administration des établissements membres
- Un conseil d’administration : le Pres est administré par un conseil d’administration (CA), le président est désigné pour trois ans après un appel public à candidatures. Il n’est pas l’un des responsables des établissements membres. Il dirige l’établissement et est assisté d’un directeur délégué.
- Un conseil d’orientation scientifique et pédagogique a pour rôle d’apporter au conseil d’administration de l’EPCS une réflexion prospective à moyen et long terme sur les grandes orientations en matière de recherche et de formation, et de se prononcer sur les projets de recherche et de formation de l’établissement.
- Le bureau du pôle réunit autour du président de l’EPCS l’ensemble des responsables des établissements membres, pour élaborer conjointement et piloter la mise en œuvre de la politique du pôle.

Détail sur la composition du conseil d’administration, tel qu’il est proposé dans les statuts :
- deux représentants de chacun des membres fondateurs, dont leur président ou directeur, membre de droit ;
- des personnalités qualifiées, désignées d’un commun accord par les membres fondateurs ; le nombre de personnalités qualifiées est égal au nombre des membres fondateurs ; trois à cinq représentants des membres associés au sens de l’article L. 344-7 du code de la recherche, dont : un représentant de la région Ile de France et un représentant de la ville de Paris ;
- un à trois représentants des autres membres associés, désignés d’un commun accord par ces membres associés ;
- un à trois représentants des enseignants-chercheurs, enseignants et chercheurs exerçant leurs fonctions au sein de l’établissement ;
- un à trois représentants des personnels BIATOSS : bibliothécaires, ingénieurs, administratifs, techniques, ouvriers, de service et de santé exerçant leurs fonctions au sein de l’établissement ;
- un à trois représentants des étudiants qui suivent une formation doctorale au sein de l’établissement.
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